ഒന്പതാം നൂറ്റാണ്ടില് വില്ലാര്വട്ടത്തു നിന്നും (കോട്ടക്കായല്) കുറെ ക്നാനായക്കാര് നെടിയ ശാലയിലേക്ക് താമസം മാറ്റി. അവിടെ ഉണ്ടായിരുന്ന കാട്ടാനകളുടെ ശല്യം മൂലം 1565-ല് പച്ചിക്കര, കുഴുമ്പില്, ഇല്ലിക്കല്, ചേരില്, ചിറയ്ക്കല് എന്നീ അഞ്ചു കുടുംബക്കാര് വടക്കുംകൂര് രാജാവിന്റെ സാമന്ത രാജാവായിരുന്ന കീഴ്മല രാജാവ് മണി കണ്ഠവീരന്റെ ചുങ്കസ്ഥലത്തിനടുത്തുവന്ന് താമസമാക്കുകയും, മൈലക്കൊമ്പു പള്ളിയില് നിന്ന് ആത്മീയകാര്യങ്ങള് നടത്തിവരുകയും ചെയ്തു. ഇവര്ക്ക് സ്വന്തമായി ഒരു പള്ളി വേണമെന്ന് ആഗ്രഹിക്കുകയും അക്കാര്യം രാജാവിനെ അറിയിക്കുകയും ചെയ്തു. രാജാവ് 1578 നവംബര് 11-ന് പള്ളിപണിയുവാന് ഉത്തരവാകുകയും ആയതിന് മരുതോലില് പുരയിടം സംഭാവനയായി നല്കുകയും ചെയ്തു. രാജാവിന്റെ ചുങ്ക സ്ഥലത്തി നടുത്തു പണിതപള്ളി ചുങ്കത്തു പള്ളിയെന്നും ക്രമേണ ചുങ്കം പള്ളിയെന്നും അറിയപ്പെടുകയുണ്ടായി. സഭാകലണ്ടര് പ്രകാരം വിശുദ്ധമര്ത്തിനോസിന്റെ തിരുനാള് ദിനമായ നവംബര് 11-ന് പള്ളി പണിക്ക് രാജകല്പന ഉണ്ടായതിനാല് രാജാവിനോടുള്ള നന്ദി സൂചകമായി ചുങ്കം പള്ളിയില് എല്ലാവര്ഷവും വിശുദ്ധ മര്ത്തിനോസിന്റെ തിരുനാള് ആഘോഷിക്കുവാന് തുടങ്ങി. സൗകര്യാര്ത്ഥം ഇപ്പോള് 11-ാം തീയതി ഞായറാഴ്ച ആണെങ്കില് അന്നും അല്ലെങ്കില് അടുത്തു വരുന്ന ഞായറാഴ്ചയുമാണ് തിരുനാള് ആഘോഷിച്ചുവരുന്നത്.
കൊല്ലവര്ഷം 754 വൃശ്ചികം 2-ന് (1579 ഓഗസ്റ്റ് 15-ന് ) മാര് അബ്രഹാം മെത്രാന് പരിശുദ്ധ കന്യാകമറിയത്തിന്റെ നാമധേയത്തില് മരുതോലില് പുരയിടത്തില് ഒരു ദേവാലയത്തിന് തറക്കല്ലിട്ട്, പള്ളി പണി ആരംഭിച്ചു. കുഴുമ്പില് അമ്മൂമ്മയുടെ സഹായവും പ്രോത്സാഹനവും പള്ളി പണിയുവാന് പ്രേരകമായിരുന്നു. കാലാകാലങ്ങളില് ജനങ്ങളുടെ ആവശ്യങ്ങളും, സൗകര്യങ്ങളും കണക്കിലെടുത്ത് പള്ളി പലപ്രാവശ്യം പൊളിച്ച് പണിതിട്ടുണ്ട്. അപ്രകാരം പണിത മൂന്നാമത്തെ പള്ളിയായിരിക്കണം ഇപ്പോഴത്തെ പരിശുദ്ധ അമലോത്ഭവ മാതാവിന്റെ രൂപം സ്ഥാപിച്ചിട്ടുള്ള മരിയന് തീര്ത്ഥാടനകേന്ദ്രം.
1911 ആഗസ്റ്റ് 29-ന് ക്നാനായക്കാര്ക്കായി കോട്ടയം രൂപത രൂപീകൃതമായി. അതുവരെ ചുങ്കം ഇടവക കൊടുങ്ങല്ലൂര്, വരാപ്പുഴ, അങ്കമാലി, എറണാകുളം രൂപതകളുടെ കീഴിലായിരുന്നതായി കാണുന്നു. കരിങ്കുന്നം, മുട്ടം, പറമ്പഞ്ചേരി. വാരപ്പെട്ടി, മ്രാല. മാറിക, വടക്കുംമുറി, മണക്കാട് പള്ളികള് ചുങ്കം ഫെറോനാ പള്ളിയുടെ അധീനതയിലാണ്.
1953 നവംബര് 29-ന് അത്യുന്നത കര്ദ്ദിനാള് ടിസറാങ് വെഞ്ചരിച്ച നവീനദേവാലയം ബഹു. കൊരട്ടിയില് മത്തായി അച്ചന്റെയും, മങ്ങാച്ചാലില് ബഹു. കുര്യാക്കോസ് അച്ചന്റെയും ഇടവകാംഗങ്ങളുടെയും അക്ഷീണ പ്രയത്നത്തിന്റെ ഫലമാണ് എന്നതു കൃതജ്ഞതാപൂര്വ്വം സ്മരിക്കുന്നു. ചേരമാന് പെരുമാള് രാജാവില്നിന്നും ക്നായി തൊമ്മന് സമ്മാനമായി ലഭിച്ച വേന്തന് മുടികള് ആദ്യകാലത്ത് പച്ചിക്കര തറവാട്ടില് സൂക്ഷിക്കുകയും പിന്നീട് ചുങ്കം പള്ളിയില് ഏല്പിക്കുകയും ചെയ്തിട്ടുള്ളതാണ്. അവ ഇന്നും പഴയ തനിമയോടെ ഭദ്രമായി ചുങ്കം പള്ളിയില് സൂക്ഷിച്ചുവരുന്നു. 1630 ജൂലൈ മൂന്നിന് ബഹു. സ്റ്റീഫന് ബ്രിട്ടോ മെത്രാന്റെ കാലത്തു സ്ഥാപിച്ച കല്കുരിശ് ഇന്നത്തെ തീര്ത്ഥാടനകേന്ദ്രത്തിന്റെ മുന്പില് സ്ഥിതി ചെയ്യുന്നു. 1881-ല് വരാപ്പുഴ മെത്രാന് ബഹു. മര്സലനോസിന്റെ കാലത്ത് ഈ പള്ളിയില് ദര്ശനം (കൊമ്പീരിയം) ആരംഭിച്ചു. 1920-ല് 12 മണി ആരാധനസ്ഥിരമായി നടത്താന് കല്പനയായി. 1922-ല് സെന്റ് ജോസഫ്സ് സ്കൂള് ആരംഭിച്ചു. 1930-ല് തൊടുപുഴ ടൗണില് വി. കൊച്ചുത്രേസ്യായുടെ നാമത്തില് ഉള്ള കുരിശുപള്ളി സ്ഥാപിച്ചു. 1936 മെയ് 14-ന് വിസിറ്റേഷന് സന്യാസ സമൂഹത്തിന്റെ ഒരു ശാഖസ്ഥാപിതമായി. തൊടുപുഴ ടെലിഫോണ് എക്സ്ചേഞ്ച് കവലയില് 1959-ല് പുളിമൂട്ടില് ചാക്കോ ഔസേഫും, ചാക്കോ ഉലഹന്നാനും, അവരുടെ മരുമകന് എം.സി. തോമസ് മനയയ്ക്കകളരിയും ചേര്ന്ന് കന്തീശങ്ങളുടെ കുരിശുപള്ളി നിര്മ്മിച്ച് നല്കുകയുണ്ടായി.പള്ളിയുടെ കിഴക്കുവശത്തായി വെട്ടിക്കനട കുരിശുപള്ളിയും പള്ളിയുടെ മുന്പില് മെയിന് റോഡരുകില് വി. മര്ത്തിനോസിന്റെ കുരിശുപള്ളിയും നിലവിലുണ്ട്.
ബഹു. അലക്സ് കൊരട്ടിയിലച്ചന്റെ കാലത്ത് 2007 ജനുവരി 1-ന് കോട്ടയം സഹായമെത്രാന് മാര് ജോസഫ് പണ്ടാരശ്ശേരില് തറക്കല്ലിട്ട്, 2008-മെയ് 18-ന് കോട്ടയം അതിരൂപതാ മെത്രപ്പോലീത്താ മാര് മാത്യു മൂലക്കാട്ട് വെഞ്ചരിപ്പുകര്മ്മം നടത്തിയ, പാരിഷ്ഹാള് ചുങ്കം പള്ളിയുടെ അഭിമാനമായി നിലകൊള്ളുന്നു. ക്നാനായക്കാരുടെ പുരാതനപാട്ടുകള് ക്രോഡീകരിച്ച് പുസ്തകരൂപത്തിലാക്കിയ ഉതുപ്പ് ലൂക്കോസ് പുത്തന് പുരയ്ക്കല് അന്ത്യവിശ്രമം കൊള്ളുന്നത് ചുങ്കം പള്ളിസെമിത്തേരിയിലാണ്.
”രാജകീയമുടി” എന്ന അര്ത്ഥത്തില് ക്നായി തോമായ്ക്ക് ചേരമാന് പെരുമാള് കൊടുത്ത മുടിയെപ്പറ്റി പാണന് പാട്ടില് പറയുന്നുണ്ട്. ആശാരി, മൂശാരി, കൊല്ലന്, തട്ടാന് എന്നീ ”നാങ്കുടി പരിഷകള്” ഏതോ നീരസത്താല് ചേരനാട് വിട്ട് ഈഴത്തുനാട്ടിലേയ്ക്ക് (ശ്രീലങ്ക) പോയത്രേ. ക്നായി തോമയെ അയച്ച് ഇവരെ തിരിച്ചുകൊണ്ടുവന്ന അവസരത്തില് രാജാവിന് ആ ജനം ഒരു സ്വര്ണ്ണമുടി നല്കിയെന്നും രാജാവ് അത് ക്നായി തോമായ്ക്ക് 72 പദവികളോടൊപ്പം നല്കിയെന്നുമാണ് പാണന്മാര് പാട്ടില് വിവരിക്കുന്നത്.
ചുങ്കം (തൊടുപുഴ) പള്ളിയില് വേന്തന്മുടികള് എന്ന പേരില് പച്ചിക്കര കുടുംബക്കാര് ഏല്പിച്ചിരിക്കുന്ന രണ്ടു മുടികള് ഉണ്ട്. വിവാഹാവസരത്തില് അതില് ഒന്നു ചെറുക്കനും മറ്റൊന്ന് പെണ്ണും ധരിച്ചുവരുന്നു.
”ക്നായി തോമായുടെ കാലം മുതല് ദമ്പതികള് ഉപയോഗിച്ചു വന്നിരുന്നത്” എന്ന പാരമ്പര്യത്തോടെ പച്ചിക്കര വേന്തന് മുടിക്കു സദൃശമായി മുളന്തുരുത്തി മാര്തോമാ യാക്കോബായ പള്ളിയില് രണ്ടു വേന്തന് മുടികള് സൂക്ഷിക്കുന്നുണ്ട്. വടക്കുംകൂര് രാജാക്കന്മാരെ ഭയന്നുപോയ കടുത്തുരുത്തിക്കാര് കൂടെ കൊണ്ടുപോയതായിരിക്കും ഈ മുടികള് എന്ന് ഐതിഹ്യമുണ്ട്.