കൊടുങ്ങല്ലൂരില് വന്നിറങ്ങിയ ക്നാനായക്കാര് ചരിത്രത്തിന്റെ മുന്നോട്ടുള്ള പ്രയാണത്തില് കൊടുങ്ങല്ലൂര് നിന്നും ഉദയമ്പേരൂരിലേക്കും അവിടെനിന്ന് കടുത്തുരുത്തിയിലേക്കും ഇതര പ്രദേശങ്ങളിലേക്കും കുടിയേറി പാര്ക്കുകയുണ്ടായി. അക്കാലത്ത് കടുത്തുരുത്തി, വടക്കുംകൂര് രാജ്യത്തിന്റെ തലസ്ഥാനമായിരുന്നു. ക്നാനായക്കാരുടെ സാന്നിധ്യം കൊണ്ട് അഭിവൃദ്ധി പ്രാപിച്ച വടക്കുംകൂര് രാജ്യത്തിന്റെ ഐശ്വര്യം കണ്ടു മനസ്സിലാക്കിയ തെക്കുംകൂര് രാജാക്കന്മാര് ക്നാനായക്കാരെ തങ്ങളുടെ രാജ്യത്തേക്ക് ക്ഷണിച്ചു. അങ്ങനെ തെക്കുംകൂറിലെത്തിയ കുറെ ക്നാനായക്കാര് സ്ഥാപിച്ച ദേവാലയമാണ് കോട്ടയം വലിയപള്ളി. ഈ ദേവാലയത്തില് ക്നാനായക്കാരും മറ്റു നസ്രാണികളും ഒരുമയോടെ പൂജകള് അര്പ്പിച്ചിരുന്നതായി തെക്കുംകൂര് രാജ്യത്തിന്റെ ചരിത്രത്തില് വിവരിക്കുന്നുണ്ട്.
1653-ലെ ചരിത്ര പ്രസിദ്ധമായ കൂനന്കുരിശു സത്യത്തോടെ കേരള സഭ പുത്തന് കൂറ്റുകാരെന്നും പഴയ കൂറ്റുകാരെന്നും രണ്ടായി വിഭജിക്കപ്പെട്ടു. ഈ വിഭജനം ക്നാനായക്കാര്ക്കിടയിലും പ്രകടമായി. അങ്ങനെ ഭിന്നിച്ച ക്നാനായക്കാര് കോട്ടയം വലിയപള്ളിയില് പ്രത്യേകം പ്രത്യേകമായി പൂജകള് ആരംഭിച്ചു. എന്നാല് തിരുവിതാംകൂര് ദിവാനും ബ്രിട്ടിഷ് റസിഡന്റുമായ കേണല് മണ്റോ തന്റെ കിരാതമായ ഉത്തരവ് അനുസരിച്ച് 994-ല് അഥവാ 1819-ല് പഴയകൂറ്റുകാരെ കോട്ടയം വലിയപള്ളിയില് നിന്നും ബലമായി പുറത്താക്കി. പ്രസ്തുത ചരിത്ര സംഭവം ഇടയ്ക്കാട്ടു പള്ളിയുടെ പ്രധാനവാതിലിന്റെ പാലുതിരിക്കല്ലിന്മേല് അന്നേതന്നെ കൊത്തിയിട്ടുള്ളത് ഇപ്രകാരമാണ്. `നൂര്ധര് മാണ്ട് ധനുമാസം 4-ന് ഞങ്ങളെ വലിയപള്ളിയില് നിന്നും എറക്കി. ഞങ്ങള്ക്ക് തരുവാനുള്ള ഒന്നു പാതി മുതല് ഒരു വകയും തന്നില്ല’. ഈ സംഭവമാണ് ഇടയ്ക്കാട്ടു പള്ളിയുടെ സ്ഥാപനത്തിന് കാരണമായത്.
വലിയപള്ളിയില് നിന്നും പഴയകൂറ്റുകാര് പിരിഞ്ഞതിനുശേഷം വല്യപള്ളിവികാരി എന്ന നാമത്തില് പള്ളിയിടപെട്ട കാര്യങ്ങള് മൂന്നുവര്ഷത്തേക്ക് അയല്പള്ളികളില് വച്ച് നടത്തി വന്നിരുന്നു. വേറെ പള്ളി വയ്ക്കുന്നതിന് സൗകര്യമായ സ്ഥലം സമീപത്തു ലഭിയ്ക്കായ്കയാല് ഇവിടെ നിന്നും അകലെ സ്ഥിതി ചെയ്യുന്ന പാങ്ങോത്തു കുന്നേല് പള്ളിക്കായി സ്ഥലം വാങ്ങിച്ചു എങ്കിലും അങ്ങാടിയില് നിന്നും വിട്ടുപോകാനുള്ള പ്രയാസത്തില് കഴിഞ്ഞു വരവേ ദൈവസഹായത്താല് ഇപ്പോള് പള്ളി പണി ചെയ്യപ്പെട്ടിരിക്കുന്ന ഇടയ്ക്കാട്ട് പുരയിടം ലഭിക്കുന്നതിനിടയാവുകയും ചെയ്തു. പ്രസ്തുത പുരയിടം ലഭിച്ചതോടെ ബന്ധപ്പെട്ടവര് പള്ളി പണിയുന്നതിനായി കൊടുങ്ങല്ലൂര് ഗോവര്ണ്ണറോരച്ചന്റെ അടുത്തു അപേക്ഷ ബോധിപ്പിക്കുകയും അനുമതി ലഭിക്കുകയും ചെയ്ത സാഹചര്യത്തില് വലിയപള്ളിയുടെ ദര്ശനഭാഗത്തു താഴെ പടിഞ്ഞാറോട്ടു ദര്ശനമായി ദൈവമാതാവിന്റെ നാമത്തില് ഒരു ചെറിയപള്ളി പണി ചയ്യിക്കുകയും ചെയ്തു. വലിയപള്ളിയുടെ താഴെയുള്ള സ്ഥലത്തു പണിയപ്പെട്ടതുകൊണ്ട് അത് `കോട്ടയം താഴത്തുപള്ളി’ എന്നു വിളിക്കപ്പെട്ടു. പിന്നീടു പ്രധാനപള്ളി ഇടയ്ക്കാട്ടു പുരയിടത്തില് പണിയപ്പെട്ടതുകൊണ്ടാണ് അതിന് ഇടയ്ക്കാട്ടു പള്ളി എന്നു പേരുണ്ടായത്. ഈ ദേവാലയത്തിന്റെ സ്ഥാപനത്തെപ്പറ്റി പുരാതനപ്പാട്ടില് പ്രതിപാദിച്ചിട്ടുള്ളത്. ഇപ്രകാരമാണ്. `997-ല് കോട്ടയം താഴത്തുടപണിതപള്ളി കര്ക്കിടകം 3-ാം തീയതിയില് തോമാശ്ലീഹായുടെ തിരുനാള് കൊണ്ടാടി. ഈ തിരുനാളില് വച്ചാണ് വിശുദ്ധ ഗീവറുഗീസ് സഹദായുടെ നാമത്തിലുള്ള ഇപ്പോഴത്തെ ഇടയ്ക്കാട്ടുപള്ളിയുടെ ആരംഭശില സ്ഥാപിക്കപ്പെട്ടത്. മാഞ്ഞൂര് ഉതുപ്പാന് കത്തനാര് , തറയില് യാക്കോബ് കത്തനാര് , കൊച്ചാനായില് കുരുവിള കത്തനാര് എന്നിവരാണ് ഈ പള്ളി പണിക്ക് നേതൃത്വം നല്കിയ വൈദികര് . 822 മകരം 8-ന് വിശുദ്ധ സെബാസ്ത്യാനോസ്സിന്റെ, തിരുനാള് നടത്തുകയും വിശുദ്ധ പത്രോസിന്റെ സിംഹാസനദിവസം പള്ളി കൂദാശ ചെയ്യുകയും ചെയ്തു.
കേരളസഭയുടെ ചരിത്രത്തില് നിര്ണ്ണായകമായ വളരെ സംഭവങ്ങള്ക്ക് ഈ ദേവാലയം സാക്ഷ്യം വഹിച്ചിട്ടുണ്ട്. സുറിയാനിക്കാരെ വരാപ്പുഴ ഭരണത്തില്നിന്നും വിടര്ത്തി. 1887-ല് സുറിയാനിക്കാര്ക്ക് തനിച്ച് തെക്കും വടക്കുമായി രണ്ട് വികാരിയാത്തുകള് സ്ഥാപിച്ചപ്പോള് കോട്ടയം വികാരിയാത്തിന്റെ ഭദ്രാസനദേവാലയം ഇടയ്ക്കാട്ടു പള്ളിയായിരുന്നു. കോട്ടയം വികാരി അപ്പസ്തോലിക്ക ഡോക്ടര് കാര്ലോസ് ലവീഞ്ഞ് മെത്രാനച്ചന് 1888 ഇടവം 10-ാം തീയതി കര്ത്താവിന്റെ കരേറ്റ തിരുനാളില് ആഘോഷപൂര്വ്വം ഈ പള്ളിയില് എത്തി തന്റെ നിയമനബൂളാ പ്രസിദ്ധം ചെയ്തതും അധികാരം ഏറ്റെടുത്തതും ഈ ദേവാലയത്തില് വച്ചാണ്. ചങ്ങനാശ്ശേരി മിസ്സത്തിന്റെ പ്രഥമ വികാരി അപ്പസ്തോലിക്കാ ആയിരുന്ന മാക്കീല് മാര് മത്തായി മെത്രാനും തന്റെ നിയമനൂളാ വായിച്ചത് ഈ ദേവാലയത്തില് വച്ചാണ്. അഭിവന്ദ്യ ചൂളപ്പറമ്പില് തിരുമേനിയും തന്റെ നിയമനൂളാ വായിച്ചതും ഈ ദേവാലയത്തില് വച്ചുതന്നെ. കോട്ടയം അതിരൂപതയുടെ പ്രഥമ മെത്രപ്പോലീത്താ, മാര് കുര്യാക്കോസ് കുന്നശ്ശേരി മാമ്മോദീസാ സ്വീകരിച്ചതും ഈ ദേവാലയത്തിലത്രേ. ക്നാനായ കത്തോലിക്കര്ക്കായി 1911-ല് കോട്ടയം വികാരിയാത്ത് പുനഃസ്ഥാപിച്ചപ്പോള് അതിന്റെ മെത്രാനായി പരിശുദ്ധ സിംഹാസനം നിയമിച്ച മാര് മത്തായി മാക്കീല് തന്റെ കത്തീഡ്രലായി തെരഞ്ഞെടുത്തതും ഇടയ്ക്കാട്ടുപള്ളിയെ ആയിരുന്നു. മാക്കീല് മാര് മത്തായി മെത്രാനെ സംസ്കരിച്ചതും ഈ ദേവാലയത്തിന്റെ മദ്ബഹയിലാണ്.